لطفا بخش ابتدای داستان فیلم پدر خوانده را در صفحه اصلی
وقتی که تام به نیویورک برمیگردد، خانواده در حال معامله با ویرجیل سولوتزوی ترک، یک دلال با نفوذ هروئین، هستند. سولوتزو از دون کورلئونه تقاضای حمایت ی و یک میلیون دلار پول برای واردکردن عمدهٔ هروئین و پخش آن میکند. علیرغم قول سولوتزو مبنی بر برگشت خیلی خوب پول، دون کورلئونه وارد معامله نمیشود، اما سانی بیتجربه برخلاف پدرش به این معامله اظهار علاقه میکند.
لوکا براسی، گانگستر وفادار دون کورلئونه ماًمور جمعآوری اطلاعات از خانوادهٔ تاتاگلیا، از حامیان سولوتزو، میشود. او خیلی زود توسط آنها کشته میشود. پس از امتناع دون کورلئونه، تام هاگن توسط سولوتزو یده میشود. خود دون، اندکی پس از خرید میوه از یک دکه مورد حملهٔ مسلحانه قرار میگیرد. با این تصور که دون کورلئونه از بین رفتهاست، سولوتزو هاگن را راضی میکند که به سانی همان پیشنهادی را بدهد که خود او قبلاً به پدرش داده بود. پس از آزادی هاگن، سانی از قبول پیشنهاد سرباز میزند و قول میدهد که برای تلافی سوء قصد به جان پدرش، که به هر نحو زنده مانده بود، با تمام قوا با تاتاگلیاها بجنگد. اکنون خانواده کورلئونه خود را برای جنگ شدید احتمالی با سایر خانوادهها نیز آماده میکند و سایر خانوادههای مافیا برای جلوگیری از یک درگیری ویرانگر، علیه کورلئونهها جبهه میگیرند. در حالیکه کورلئونهها جمعاند و تلاش میکنند با لوکا براسی تماس بگیرند، جلیقه براسی به دستشان میرسد، جلیقهای که دور یک ماهی مرده پیچیده شدهاست: یک پیغام سیسیلی (لوکا براسی با ماهیها خوابیده).
مایکل که در تجارت خانواده وارد نشدهاست و خانوادههای دیگر او را به چشم یک غیرنظامی میبینند برای عیادت پدرش به بیمارستان میرود؛ ولی هیچ اثری از افراد پدرش که باید برای محافظت از او کشیک بدهند، نمیبیند. بدین ترتیب متوجه میشود که برای شلیک مجدد به پدرش، دوباره برنامهای ریخته شدهاست. مایکل با اینکه کمک خواسته، نگران این است که قبل از رسیدن کمک اتفاقی بیفتد مایکل، داماد انزوی شیرینیفروش را که برای ادای احترام به بیمارستان آمده بود به خدمت خود میگیرد. به او میگوید که بیرون بیمارستان در کنار او بایستد و تهدیدگرانه خود را مسلح جلوه دهد. بعد از مدتی ماشینهای پلیس به سرکردگی سروان مککلاسکی از راه میرسند. مایکل، مککلاسکی را به آدم سولوتزو بودن متهم میکند، و او هم با یک مشت فک مایکل را میشکند. مایکل در عین بیگناهی در شرف دستگیری است که تام هاگن با کاراگاهان خصوصی از راه میرسد. آنها حکمی از دادگاه مبنی بر حمل اسلحه دارند. مک کلاسکی صحنه را واگذار میکند و دون در امنیت قرار میگیرد.
در ادامه فیلم پدر خوانده ، مایکل داوطلب میشود که سولوتزو و محافظش، سروان مککلاسکی را آشکارا با سولوتزو همدست است از بین ببرد. آنها در یک رستوران با سولوتزو و مک کلاسکی یک نشست صلح ترتیب میدهند. مایکل با اسلحهای که قبلاً با دستور سانی در پشت سیفون دستشویی مخفی شده، هر دوی آنها را در آنجا میکشد.
از ترس دستگیرشدن قاتل، مایکل به سیسیل فرستاده میشود و آنجا تحت حمایت دن تماسینو، دوست قدیمی دون کورلئونه، قرار میگیرد. او در شهر کورلئونه، در حین قدم زدن با محافظانش، مسحور آپولونیای زیبا میشود و پس از یک معاشقهٔ کوتاه او را به همسری میگیرد. در این خلال، در آمریکا، دون کورلئونه از بیمارستان به خانه میآید، و با شنیدن اینکه کشتن سولوتزو و مککلاسی کار مایکل بوده، پریشان میشود. سانی به عنوان رهبر خانواده برادرش فردو را به لاس وگاس میفرستد تا با تجارت قمارخانه آشنا شود. در نیویورک، سانی تندمزاج شوهر خواهرش را به خاطر بدرفتاری با کانی، خواهر آبستنش، به شدت کتک میزند. پس از آنکه کارلو، کانی را برای بار دوم کتک میزند، سانی به تنهایی برای انتقامجویی به دنبال او میافتد. در این حین دشمنان خانواده که در یک باجه عوارض راهداری کمین کردهاند سانی را به شکل فجیعی با ضرب گلولههای فراوان از پا درمیآورند.
دون کورلئونه به جای ادامه انتقام جوییها، در یک جلسه با سران پنج خانواده به ناچار با قاتلین پسر بزرگش دست داده و ترتیبی میدهد که پسر کوچکش بتواند در امنیت کامل به خانه برگردد. در سیسیل، مایکل آمادهٔ بازگشت به آمریکا میشود. قبل از حرکت، یک بمب در ماشین وی کار گذاشته میشود. اما به جای او، آپولونیا کشته میشود.
در جلسهٔ سران خانوادههای نیویورکی، دون درمییابد که شخص پشت این جنگها و مرگ سانی، دون امیلیو بارزینی است، و نه فیلیپ تاتاگلیا. مایکل از سیسیل بر میگردد و با کی، دوست دختر سابقش، تماس میگیرد. میگوید که به او احتیاج دارد، پدرش به فعالیت خود خاتمه داده، و در طی پنج سال، خانواده کورلئونه کاملاً قانونی خواهد شد. اکنون در نبود سانی و به علت زرنگ نبودن فردو به اندازهٔ کافی، مایکل مسئول خانواده شدهاست. مایکل عازم نوادا میشود. در لاس وگاس، در هتل-کازینویی که نیمی از سرمایهٔ آن از کورلئونههاست، و توسط مول گرین (شخصیتی که احتمالاً از باگزی سیگل الهام گرفته شده) اداره میشود، فردو، برادر مایکل از او استقبال میکند. میکایی مارکر دن، جانی فونتان را نیز فرامیخواند، و از او میخواهد که قراردادی را امضا کند که طی آن سالی چند مرتبه با کازینو در تماس جدی درآید، و همچنین از او خواهش میکند که دوستانش در هالیوود را هم به سوی کازینو سوق دهد. فونتان از فرصت پیش آمده برای تلافی لطف دون خوشحال میشود. مایکل درصدد است که تجارت روغن زیتون در نیویورک را رها کند و خانواده را به نوادا بیاورد. به مو گرین پیشنهاد خرید سهمش را میدهد. اما از آنجایی که گرین تصور میکند که کورلئونهها ضعیف هستند، و او میتواند سهمش را به قیمت بهتری به بارزینی بفروشد، این پیشنهاد را با گستاخی رد میکند.
مایکل همراه همسرش، کی، و پسرش، آنتونیو، به خانه برمیگردد. در یکی از لطیفترین صحنههای فیلم،
در ادامه مایکل ترتیب کشتن سران سایر خانوادهها را میدهد. روکو لامپونه، فیلیگ تاتاگلیا را ترور میکند. آل نری، امیلیو بارزینی را میکشد. پیتر کلمنزا به ویکتور استراسی شلیک میکند. ویلی ویسی، کارمین یو را به قتل میرساند. در همین خلال، مو گرین هم در لاس وگاس کشته میشود. این لحظههای نفسگیر آدمکشیها بهوسیله تدوین موازی با صحنه شرکت مایکل در مراسم مذهبی تعمید همزمان شدهاست. وقتی که تسیو و تام هاگن آمادهٔ ترک جلسه میشوند، تعدادی از افراد هاگن، تسیو را محاصره میکنند و او را به داخل ماشین خود میآورند. او دیگر هرگز دیده نمیشود. تسیو در آخرین لحظات به تام میگوید: «به مایک بگو به خاطر کار بود. همیشه دوستش داشتم».
به دنبال ردیابی قتل سانی، مایکل به کارلو میرسد و او به نقشش در قتل اقرار میکند. مایکل میگوید که کارلو به لاس وگاس تبعید خواهد شد، ولی در ماشین توسط کلمنزا خفه میشود. در انتهای فیلم، کی میبیند که کلمنزا و روکو کاپورژیم جدید به مایکل ادای احترام میکنند، دستش را میبوسند و او را «دون کورلئونه» خطاب میکنند. در به روی او بسته میشود، و این در حالی است که مایکل دقیقاً همانی شده که پدرش نمیخواست.